Карта белков-мутантов несомненно поможет искать уязвимости раковых клеток — Ученые
Ученые из РФ разработали универсальный метод для поиска мутантных белков в клетках с помощью масс-спектрометров, что несомненно поможет докторам скорее искать уязвимые точки в раковых опухолях, говорится в статье, опубликованной в журнале Proteomics. Вместо того, чтобы «расшифровывать» неизвестную последовательность «с нуля», программа просто сверяет экспериментальные данные со «словарем» белковых последовательностей.
Русские ученые разработали неповторимый способ поиска измененных белков в человеческих клетках. Она сочетают знания протеомику, которая изучает все белки в клетке, и геномный анализ, который используют при считывании белковых последовательностей из ДНК клеток. Специально разработанная программа сравнивает приобретенные результаты масс-спектомектрии с платформой данных белков всего организма, выявляя так видоизмененные клетки.
Для проверки работы своей системы ученые использовали геномную информационную базу клеточной линии HEK-293, полученной из человеческого зародыша. Кроме того, линия HEK-293 несет огромное количество мутаций и служит отличной моделью для отработки протеогеномного подхода к исследованию рака.
Кроме собственных экспериментальных данных, в своей работе ученые использовали масс-спектры из 2-х работ, приуроченных исследованию протеома клеток HEK-293. Ученые учли белки с необычными последовательностями аминокислот, благодаря чему сумели выявить «больные» белки. Ученые добавили в «словарь» белков расстановки, которые отличаются от начальных на одну либо несколько аминокислот, что позволило обнаруживать «неправильные» белки. Без такой подробной базы поисковая программа не могла бы продуктивно находить частично «неправильные» белки. Так как в любой клетке регулярно происходят мутации, а в раковых — особенно часто, обнаружение белков, различающихся от «эталонных», несомненно поможет понять, чем опухолевая клетка отличается от нормальной.
Новый метод помогает найти в клетках мутантные белки согласно информации масс-спектрометрического анализа. В частности, один из найденных геномных способов относится к белку p53, подавляющему злокачественное преобразование клетки.
«Наш подход может в дальнейшем использоваться для поиска ассоциированных с раком мутаций на основе протеомных данных». Ученые намереваются, что новый подход несомненно поможет изучить белковый состав опухолей и создать препараты, нацеленные на мутантные белки опухолевых клеток.
